Historia Morskiego Klubu Sportowego Pogoń Szczecin zapisywana jest w kronikach od 21 kwietnia 1948 roku, kiedy to powstał najpierw KS "Sztorm", a następnie po kolejnych przeobrażeniach i startach w rozgrywkach ligowych niższych klas, 31 października 1955 roku Pogoń Szczecin rozegrała już pod taką właśnie nazwą towarzyski mecz z Kolejarzem Poznań.
Pogoń jest największym klubem piłkarskim w Szczecinie - stolicy województwa zachodniopomorskiego, liczącej 400 tysięcy mieszkańców. Posiada stadion na 17 783 miejsca, z oświetleniem 2300 lx. Pogoń może poszczycić się najwyższą średnią liczbą kibiców w Polsce, oglądających na stadionie mecze swojej drużyny.
W 1956 roku Pogoń występowała w rozgrywkach Ligi Międzywojewódzkiej, zajmując II miejsce, a wiosną 1957 roku wygrała tę rywalizację. Jesień roku 1957 drużyna Pogoni kończy kolejnym sukcesem, awansując do II ligi. Wiosna 1958 roku to także nieustające pasmo osiągnięć piłkarzy Pogoni. Nie przegrywając żadnego meczu, zapewniają sobie prawo gry o awans do I ligi. Jesienią 1958 roku, dokładnie 19 października, po remisie 3 : 3 ze Śląskiem Wrocław w Szczecinie, Pogoń po raz pierwszy w swojej historii awansuje do ekstraklasy. Był to wspaniały prezent dla piłkarskiego Szczecina z okazji 10- lecia klubu. Trenerem Pogoni był wówczas Florian Krygier / ur. 17. 03. 1907r. /, dziś nestor polskiej i szczecińskiej piłki nożnej, uhonorowany z okazji 85 lecia PZPN Diamentową Odznaką Honorową.
Od początku swoich dziejów, Pogoń związana była ze szczecińskim portem, stąd potoczna nazwa drużyny "Portowcy", natomiast Pogoń w nazwie klubu, to odniesienie do tradycji związanej z Pogonią Lwów, ponieważ z tamtych dawnych ziem polskich przybyło po II wojnie światowej na ziemie odzyskane tysiące ludzi.
Nową formułę prawną klub uzyskał 29 grudnia 1999 roku, gdy podpisany został akt notarialny na mocy którego obowiązuje nazwa Morski Klub Sportowy Pogoń Szczecin Sportowa Spółka Akcyjna.
W swojej sportowej karierze MKS Pogoń Szczecin przechodził różne dzieje, przeżywając zarówno wzloty jak i upadki. Największe sukcesy "Portowców" w I lidze to : 4 miejsce w sezonie 1970/ 71 oraz w sezonie 1982/83, 3 miejsce w sezonie 1983/84 i dwukrotnie tytuł wicemistrzów Polski w sezonie 1986/87 oraz 2000/01. Piłkarze Pogoni grali też dwukrotnie w meczach finałowych Pucharu Polski / 1981 i 1982 /, zajmując drugie miejsce. Trzykrotnie występowali w rozgrywkach UEFA, grając z FC Koln, Hellas Verona i Fylkir Reykjavik. W polskiej ekstraklasie Pogoń występuje już 38 sezon, od momentu pierwszego awansu w szeregi I ligi. Pogoń posiada także drużynę rezerw, która występuje w rozgrywkach III ligi. W tej drużynie grają zarówno seniorzy jak i piłkarze młodego pokolenia, zdobywający ligowe doświadczenia. Liczymy, że w najbliższym czasie młodzi piłkarze Pogoni nawiążą do pięknych kart swoich rówieśników z przeszłości. W 1965 roku juniorzy Pogoni zdobyli srebrny medal mistrzostw Polski, natomiast po tytuł mistrzowski sięgnęli w 1986 roku.

W Pogoni występowało zawsze wielu znakomitych piłkarzy, zajmujących czołowe lokaty w różnego rodzaju klasyfikacjach.
Tytuł króla strzelców ekstraklasy zdobyli Marian Kielec, sezon 1962/63 - 18 bramek oraz Marek Leśniak, sezon 1986/87 - 24 gole.
Dotychczas najlepszymi strzelcami w Pogoni, w I i II lidze byli :